半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。
新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……
岛崎信长 花泽香菜 水岛大宙 金元寿子 木村良平 井上麻里奈 森久保祥太郎 明坂聪美 置鲇龙太郎 安元洋贵 小林由美子 山口胜平 斋藤千和 谷山纪章 松田健一郎 小林优 雪野五月 幸田夏穗 稻田彻 中田让治